Подскажите, пожалуйста, в трудовой книжке сотрудника (зам.глав врача) нужно уточнять по какому направлению? Или это штатная единица?

Должность определяется штатным расписанием. Как в штатном расписании должность названа, так вы ее и пишите в трудовую книжку. В штатном расписании должность указывается в соответствии с классификатором должностей в сфере здравоохранения, профессиональными стандартами.